Obecny ołtarz główny wykonano w 1935 r. według projektu Franciszka Mączyńskiego z białego marmuru i alabastru, we wnękach umieszczono drewniane figury Serca Jezusa oraz świętych Piotra i Pawła. W lewym ołtarzu bocznym znajdują się rzeźby św. Wincentego a Paulo oraz świętych Antoniego i Józefa.

W ołtarzu bocznym po prawej stronie umieszczono barokowy obraz z 1700 r. Chrystusa Ukrzyżowanego zwanego Milatyńskim. Został on sprowadzony z Rzymu do Milatyna Nowego koło Lwowa, od 1747 r. znajdował się w kościele karmelitów bosych w Milatynie. W 1755 r. ogłoszono wizerunek Chrystusa cudownym. Do Krakowa trafił w 1945 r, początkowo został umieszczony w klasztorze Misjonarzy, w 1976 r. przeniesiono go do kościoła i umieszczono w ołtarzu. Kratę zamykającą ołtarz zaprojektował Wiktor Zin.

W latach 1934-1936 w kaplicy Matki Bożej z Lourdes nowy ołtarz w kształcie groty z Lourdes zaprojektował Franciszek Mączyński. Znajduje się w nim figura Matki Boskiej ciesząca się wśród krakowian wielką czcią sprowadzona z Lourdes w 1889 r..

Kościół posiada neogotyckie stalle z 1883 r,  a witraże były wykonywane w Wiedniu w 1877 r, oraz w Krakowie w 1912 r, na jednym z nich jest wizerunek patrona kościoła św. Wincentego a Paulo.